Os congressos nacionais de Pueri Cantores, destinados a coros com uma maioria de coralistas entre os 6 e os 25 anos de idade,  são momento especiais para louvar a Deus através da Música, para fortalecer a amizade com Jesus, para desenvolver a aprendizagem musical, para conviver e trocar experiências com coralistas de outras proveniências, para rezar pela paz.  

Habitualmente, o programa dos congressos nacionais de Pueri Cantores, integra uma ação de formação (conferência, workshop) para os adultos (párocos, capelães, directores de coros, cantores adultos), ensaios vários para todos os coros, um concerto com a participação conjunta de todos os coros, e uma Missa cantada de encerramento.